V roku 1886 bol založený Historický a archeologický spolok Komárňanskej župy a mesta Komárna. Zbierka tohto spolku tvorila základ neskoršieho múzea. V roku 1900 sa spolok premenoval na Muzeálny spolok Komárňanskej župy a mesta Komárna a svoju zbierku starožitností rozdelil do štyroch oddelení: historického, archeologického, prírodopisného a národopisného. Významným medzníkom v živote múzea bol rok 1911, kedy bol zlúčením Muzeálneho spolku so Vzdelávacím spolkom a Župnou knižnicou vytvorený Jókaiho vzdelávací a muzeálny spolok. V roku 1913 bola postavená nová budova Jókaiho spolku – Kultúrny palác, dnešné sídlo múzea. Po druhej svetovej vojne sa začala nová etapa v živote múzea. V roku 1948 bolo založené Okresné múzeum, ktoré bolo o rok neskôr premenované na Podunajské múzeum. Činnosť inštitúcie bola brzdená nedostatkom odborných pracovníkov a prevádzkových priestorov. Táto situácia sa zlepšila až po roku 1968, keď po generálnej oprave budovy múzea bola roku 1970 otvorená stála archeologická, historická a etnografická expozícia. V sedemdesiatych rokoch minulého storočia sa zvýšil počet odborných pracovníkov, začala sa systematická vedeckovýskumná činnosť, ktorej výsledky sa publikovali v odborných časopisoch i dennej tlači, ako aj v publikáciách múzea. V roku 1975 múzeum zriadilo expozície aj v prenajatých priestoroch mimo svojej hlavnej budovy a každý rok usporadúvalo viacero dočasných výstav. Nový štatút múzea z roku 1991 rozšíril zberateľskú a vedeckovýskumnú činnosť inštitúcie na celé územie Slovenska, vrátane území obývaných aj občanmi maďarskej národnosti. Na koordinovanie tejto činnosti bolo zriadené maďarské národnostné oddelenie múzea. Dnes je jeho základným poslaním cieľavedome zhromažďovať, vedeckými metódami zhodnocovať, odborne spravovať a ochraňovať, vedecky a kultúrno-výchovne využívať hmotné i nehmotné doklady a dokumenty o vývoji a súčasnom stave spoločnosti na území okresu Komárno, ako aj o vývoji prírody v južnej časti Podunajskej nížiny v okresoch Komárno a Nové Zámky. V rámci užšej špecializácie sa múzeum zameriava na históriu, národopis a dejiny kultúry maďarskej národnostnej menšiny, na výskum a dokumentáciu interetnických vzťahov na území Nitrianskeho samosprávneho kraja, ako aj na výskum a dokumentáciu rímskych pamiatok v okrese Komárno
